《零度战姬》第二季（又名：零度战姬振动）故事围绕在和袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉。青井和叶是传奇中的潘多拉（能与NOVA作战的少女），和哉为了继承姐姐的遗志，进入了潘

故事叙述袭击人类的异次元体交战中失去姐姐的少年和哉，继承了姐姐的遗志，进入对异次元体作战学校杰尼提克斯。那里其实是一座为了随时与未知的敌人交战，少年少女们互相交锋磨练的学园。在学园最强的女学生、有着禁