故事从一名高中生叙述而开始，五岛桐绘和她的男朋友斋藤秀一以及住在这个受诅咒的黑涡镇的人们，面对着一连串围绕在漩涡相关的诅咒和超自然事件当中，而这座小镇的秩序也即将失控。

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于